工程成本核算程序是指企业在具体组织工程成本核算时应遵循的步骤与顺序。按照核算内容的详细程度，可分为以下两个方面。
(一)工程成本的总分类核算程序
工程成本的总分类核算程序是指总括地核算工程成本时一般应采取的步骤和顺序。施工企业对施工过程中发生的各项工程成本，应先按其用途和发生的地点进行归集。其中直接费用可以直接计入受益的各个工程成本核算对象的成本中;间接费用则需要先按照发生地点进行归集，然后再按照一定的方法分配计入受益的各个工程成本核算对象的成本中。并在此基础上，计算当期己完工程或已竣工工程的实际成本。
(二)工程成本的明细分类核算程序
为了详细地反映工程成本在各个成本核算对象之间进行分配和汇总的情况，以便计算各项工程的实际成本，施工企业除了进行工程成本的总分类核算以外，还应设置各种施工生产费用明细账，组织工程成本的明细分类核算。
工程成本的明细分类核算程序应与工程成本的总分类核算程序相适应。施工企业一般应按工程成本核算对象设置“工程成本明细账(卡)”，用来归集各项工程所发生的施工费用。此外，施工企业还应按车间、单位或部门以及成本核算对象分别设置“辅助生产明细账”，按照施工机械或运输设备的种类等设置“机械作业明细账”，按照费用的种类或项目设置“待摊费用明细账”、“预提费用明细账”和“间接费用明细账”等，以便于归集和分配各项施工生产费用。
施工企业工程成本的核算主要包括以下步骤：
1、分配各项施工生产费用;
2、分配待摊费用和预提费用;
3、分配辅助生产费用;
4、分配机械作业;
5、分配工程施工间接费用;
6、结算工程价款;
7、确认合同毛利;
8、结转完工施工产品成本。
(三)账户设置
为了核算施工企业的各项生产费用，计算工程成本，各个施工企业应设置“工程施工”、“辅助生产”、“机械作业”、“工业生产”、“预提费用”、“待摊费用”等账户。
1、“工程施工”账户。用于核算企业进行建筑安装工程施工所发生的各项费用、计算工程成本的成本计算账户。企业发生的各项施工生产费用，借记“工程施工”账户，贷记“库存材料”、“应付工资”、“应付福利费”、“辅助生产”、“机械作业”、“银行存款”等账户。企业应按工程合同确定的工程价款结算办法，按月或按期结算已完工程成本。采用按月结算工程价款办法的工程，按月结算己完工程实际成本，借记“工程结算成本”账户，贷记“工程施工”账户;采用竣工后一次结算或分段结算工程价款办法的工程，按合同确定的工程价款结算期结算已完工程成本。按月或按期结算的工程成本，可以根据期末未结算工程成本累计减未完工程成本计算。期末未完工程成本是指期末未办理结算的工程成本。本账户的期末余额表示未完工程的实际成本。
2、“辅助生产”账户。用于核算企业非独立核算的辅助生产部门为工程施工、产品生产、机械作业、专项工程等生产材料和提供劳务所发生的各项费用。发生有关费用时，借记“辅助生产”账户，贷记“应付工资”、“库存材料”等有关账户;月末按有关受益对象，借记“工程施工”、“工业生产”、“机械作业”、“其他业务支出”、“管理费用”等账户，贷记“辅助生产”账户。本账户期末借方余额为辅助生产部门在产品的实际成本。