一、综合项目管理信息系统的概念
管理信息系统(MIS)是企业在管理领域中应用计算机在数据处理系统的基础上发展起来的面向管理的集成系统。它是一个由人、计算机等组成的能进行信息的收集、传递、存储、加工、维护和使用的系统。综合项目管理信息系统也是一种管理信息系统。
综合项目管理信息系统是指以项目管理为核心的、以解决项目管理综合业务为宗旨的、给组织提供综合项目管控的集成管理信息系统。综合项目管理信息系统从广义的角度可以理解为包含项目管理软件的集成应用系统或项目管理解决方案，从狭义的角度也可以理解为涵盖多个项目管理业务领域的应用软件。综合项目管理信息系统软件是管理软件而非工具软件。
目前市场上一些项目管理软件系统(如P3、EXP、MS Project等)为项目团队或企业提供了较为专业的项目计划、合同费用等辅助管理功能，但是还不能算做综合项目管理信息系统，只能算做项目管理工具软件。这是因为一方面由于软件涵盖的业务领域较为单一、业务集成度低，另一方面软件的平台化功能(如表单、流转、综合报表、事务处理等)较弱、操作专业性要求高，尚不能满足组织综合项目管控的需求。
二、综合项目管理信息系统对项目导向型企业的作用与意义
综合项目管理信息系统的出现是项目管理软件在组织中应用的必然产物，综合项目管理信息系统软件是项目管理软件的提升。综合项目管理信息系统的出现为项目导向型企业的管理信息化带来美好的前景，为组织的项目任务管理带来了综合解决方案，为组织的项目任务与运营任务的有机协调与管理带来很好的示范效果。
综合项目管理信息系统的出现，使项目管理技术及软件从具体项目的应用提升到企业组织层面的应用，并为利用项目手段落实企业战略管理、实施精细化的绩效管理提供了有用的管理辅助系统。
综合项目管理信息系统可为组织的不同层面(决策、管理、作业)、层级提供决策支持、信息共享、工作协同、数据采集等信息化体验及支持。综合项目管理信息系统一般包含项目信息门户(Project Information Portal，PIP)、项目总控信息系统(Project Control Information System，PCIS)、项目管理信息系统(Project Management Information System，PMIS)的功能。
三、与传统MIS及其他管理系统的差异
传统MIS往往根据企业的管理需求定制开发，因而企业的MIS系统往往随着组织的变迁、IT技术的进步而被弃用。随着商品化管理软件的发展形成了各种门类的管理系统(如ERP、CRM等)，这些管理软件一般均以流程、数据为中心开展管理。目前，各种组织在开展MIS建设时，往往选择一些管理软件进行集成。
综合项目管理信息系统有别于其他管理系统的关键在于以“任务”(项目、工作包、作业、管理事务、事件)为中心，采用项目管理技术支持组织的项目管理及组织的项目化运作。