政府投资项目作为政府实践其职能的一种重要手段，在我国的经济活动中起着非常重要的作用，同时也受到社会的密切关注。我国政府在投资建设领域作了一系列的改革，实施项目法人制，项目资本金制，项目招投标制，项目合同制，项目代建制等，在一定程度上改进了基本建设项目管理模式，但还是存在着决策机制不完善、预算约束弱化、投资效益偏低等弊端，离建设节约型社会、构建公共财政体系、打造廉洁高效政府的要求尚有不小的差距，进一步加强政府投资项目管理势在必行。
2004年《国务院关于投资体制改革的决定》推行的投融资体制改革，政府投资项目实行代建制，即成立项目管理公司，作为项目建设期的法人，负责项目建设的全程组织和管理，在一定程度上取得了良好的效果。但由于政府投资项目的建设资金是无偿使用的，投资效益与投资责任的软约束，缺乏约束建设单位超建设、超规模、超标准的有效手段，再加上招投标程序、建设项目管理等环节仍然存在较为突出的问题，致使现在“三超”工程、“钓鱼”工程大量存在。
1、决策的不科学性。
政府投资项目资金的主要来源是政府的财政性资金，进行政府项目投资决策时，各地区、各部门对争取政府投资项目具有极大的积极性，争取到项目就等于争取到资金，那时各类投资决策系统运转的动力系统，往往只有激发投资和权益的冲劲，没有承担责任和风险的意识，而争取到资金的部门也未必是真正最需要的地区和部门，更有甚者，为了争取土地指标，盲目虚报项目，致使这些项目最后都不了了之，能真正实施的为数不多。所以，因为各种原因，政府投资项目决策的科学性大大受到影响。
2、建设标准及规模不可控性。
部分项目前期评估论证工作不充分，在项目建设过程中出现更改建设标的、更改建设内容、增加建设投资，擅自扩大建设规模等现象;有些项目建设者为了单位和个人利益，在工程建设过程中，找种种借口，提高建设标准，甚至挂羊头卖狗肉违建楼堂馆所。
3、招投标活动不规范。
第一，招标人对应当招标的项目擅自不招标，应当公开招标的项目擅自邀请招标，随意更改招标文件载明的评价标准和方法等。二是弄虚作假，招投标走过场、流于形式：三是建设单位违反基本建设程序，先进场施工后招标投标;四是“串标”、“陪标”、“围标”较常见，中标后将项目非法肢解转让，或者违法转包、分包。
4、项目资金使用监督弱化。
项目建设资金属于专项资金，财务相对独立，因此项目资金在使用管理上缺乏透明度，而负有监督职责的财政、审计部门由于不能及时掌握资金的使用情况，难以监督到位，致使项目资金在使用中容易出现截留、挪用、挤占、浪费等问题。
5、投资项目后评估缺失。
按照规定，政府投资项目建成投入使用后都要进行后评估，但目前我国政府投资项目，基本处于“重建设、轻管理，少论证，无评估”的状况。这种状况在一定程度上影响了投资决策水平的提高和项目管理水平的提升，以及项目的事后控制和监督作用的发挥。
6、内部制约和外部监督效能不强。
政府投资项目往往列为当地党委政府的重点项目，政府及其部门参与其中，既是运动员，又是裁判员，造成内部决策、执行、监督等制约机制不健全、不完善，难以形成有效监督，职能部门难以严格监督，违法、违规等问题也很难得到及时纠正和制止，难免会出现违纪违规或腐败现象。