企业购买项目管理软件，遇到的最主要问题出现在选型阶段。要知道，不同的角色选型的重点是不同的，公司领导层关注的往往是如何规范管理，提升效率，最终提高利润。而员工则更关心软件操作的便捷性，抓小放大。
当然，这两者应该结合起来，否则按照领导层的侧重点找软件，虽然能达到管理目的，但是很可能因为软件的操作不便，最终在员工层推动困难。或者按照员工的侧重点去选型，最终选择的软件虽然推广很好，但是却不能达到计划的管理效果。
领导层在挑选项目管理软件时，会从项目管理甚至企业管理角度出发，考虑多方项目人员、项目流程、时间进度、交付成果等，着重软件是否能帮助项目人员管好时间进度及成本，甚至项目质量，节约项目成本，提高项目管理效率。针对自身企业特点、市场变化和同行反响，选择适合的软件。因此在购买项目管理软件时，不应该仅仅是一个员工、一个部门的决定，还应该得到高层人员的认同及支持。
员工负责项目管理软件选型时，可能考虑不全面，例如更着重界面UI，不着重软件是否真正管好时间进度及成本。此外，一般的员工都喜爱自由, 故他们大多数人会选择过度宽松不严谨的项目管理软件。
宽松的项目管理软件可以帮助员工度过项目前期，但当项目开始后, 由于过度宽松的项目管理软件不能第一时间侦察项目实际情况，导致偏离项目计划，等到员工发现项目严重失控时，他们的精力会更多放在借口，认为项目管理软件帮助不了员工解决项目问题，然后更换甚至弃之不用，而领导层不会完全知道真相是怎么回事。
那么，为什么企业要使用项目管理软件呢?因为项目管理软件能够优化企业项目流程，贯穿项目管理全过程，最终降低项目成本投入，提高业务效率，提升企业运营效益。