工程项目内部审计应从项目经营管理各项经济活动的规范性与效益性人手，根据具体情况对工程项目的各项基础管理进行全面或重点审核，为项目经营管理把准脉、开对药。
工程项目内部审计是指施工企业审计部门和审计人员，根据审计计划、上级审计机关或企业主管领导的指示，依据国家有关规定和企业内部管理规章制度，对被审计项目部各项经营管理活动的真实性、合法性、合规性和效益性进行的审查、监督、评价和鉴证活动。根据审计的特点，它具有“独立性”和，“权威性”两个基本特征。
项目内部审计的内容梳理
施工企业项目内部审计的内容，按照现行规定一般分为项目财务收支合规审计、项目完工效益审计、项目部主要负责人离任经济责任审计、专项审计、审计调查等方式。
目前施工企业项目内部审计，一是较多侧重于财务收支合规审计，或对某一专业的审计(如分包结算审计)，往往对项目系统管理，特别是基础管理的审计重视不够，难以充分利用审计职能达到从根本上纠正管理偏差的目的：二是往往侧重于对项目管理与核算中已发生的不规范现象进行监督与评价，针对被审计项目存在的管理与效益风险，应采取的前瞻性控制措施或审计建议较少，具有针对性的后续审计工作相对薄弱。
因此，工程项目内部审计应从项目经营管理各项经济活动的规范性与效益性入手，根据具体情况对工程项目的各项基础管理，如项目组织、经营预算、工程管理、物资供应、财务核算等方面进行全面或重点审核，为项目经营管理把准脉、开对药。
项目基础工作的审计。项目管理基础工作是指项目部在生产经营活动中，为实现项目管理的职能和目标而提供的基本手段和前提条件。它一般包括项目组织、共同准则、标准化工作、计量工作、信息传递、数据处理，以及资料的归集、使用与归档等工作。此项审计，主要审查被审计项目部在该审计期间的机构设置、人员配备与各项管理制度的制定与执行等情况;审查上级业务主管部门对该项目各项经济技术指标，包括目标成本、管理费上缴、项目暂设以及产值、利润、质量、安全等指标的核定、执行与完成情况：项目部相关业务部门各类管理台账是否建立健全，基础台账的登录是否符合及时性、准确性与规范性原则，以及是否达到对项目实行动态管理的要求。
据了解，不少施工企业在项目管理基础工作中，不同程度地存在以下问题。
人员配备方面。业务骨干普遍缺乏，如有的大中型项目经营预算管理涉及建筑、安装、仪表和电气等多个专业，从事工程造价专业3年以上的预算人员只有一名业务负责人，其余鲜有胜任的相应业务骨干，这是造成项目管理被动的主要原因。
规章制度方面。往往侧重于强调本部门或本专业相关人员的职责，未具体界定部门内部或部门之间的工作流程与责任，制度落实措施欠明确，可操作性不强。
基础管理台账方面。各业务部门之间归集的基础资料核算范围不统一、欠明晰，特别是在同一项目部有多个单项工程在建的情况下，难以实现项目的规范管理与成本控制，容易导致项目潜亏与经营风险。