矩阵型组织结构试图在稳定性的职能型组织与临时性的项目型组织之间取得平衡。基于此，矩阵型组织结构的常见矛盾也恰好是职能部门工作和项目工作间的矛盾。项目经理能对来自职能部门的团队成员产生较强的影响力，是矩阵型组织下项目取得成功的关键点。
在矩阵型组织中，项目中来自职能部门的团队成员更倾向于服从职能经理的任务安排。其本质原因是职能经理对团队成员在公司中的绩效考核和职位升迁的影响更大，这几乎是个人无力改变的事实。因此，项目经理应想办法和职能经理达成共识，尽管这比较困难，因为同一个职能部门往往会同时参加公司其他的项目，而且还同时承担着自己部门的任务。
只有一块手表，戴表的人可以知道时间，而有两块表或者两块以上的手表，并不能告诉一个人更准确的时间，反而会制造混乱。这就是著名的手表定律。在同一时刻，一个人同时受两个领导指挥，会使人无所适从，这也对项目管理提出了极高的要求。正如拿破仑所言:"宁要一个平庸的将军带领一支军队，绝不要两个天才率领同一军队。”必须为项目团队设置统一的目标、尺度，进行一元化管理最忌产生多头管理。在矩阵型组织中，需要项目经理拥有更高的协调能力。
矩阵型组织结构在实际工作中最为常见。这种职能部门人员临时参与项目、项目结束时释放资源的方式，引发了项目中关于人的最常见问题:争夺职能资源。统计发现，项目人力资源管理的问题中 85%以上来自矩阵型组织结构，而这其中的大多数问题又都与项目经理认为自身权力不足有关。
在矩阵型组织中，常见的问题包括:
1、项目经理如何增强自己的影响力?
2、职能部门经理不配合，怎么办?
3、项目实施过程中职能经理更换了自己职能部门的人员，如何应对?
4、其他职能部门经理推卸责任，怎么办?
5、如何制定项目的绩效考核体系?
6、项目的奖金要如何发放?
7、项目组成员分配过多精力给其自身所在部门工作从而影响了项目，如何应对?
8、未经项目经理同意，职能部门经理给自己部门成员放假，如何处理?
9、如何跟其他项目经理争夺一个关键核心资源?
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